Geneza herbu Mokotowa sięga XVIII wieku. Legenda głosi, że obecny wygląd mokotowskiego herbu jest nierozerwalnie związany z osobą księżnej Izabeli Lubomirskiej oraz z symbolicznym dla Mokotowa jej pałacem.

W latach 1772-1774 na gruzach, zniszczonego podczas potopu szwedzkiego, dworu bogatego kupca warszawskiego, zwanego Burbachem, wybudowano klasycystyczny pałacyk dla marszałkowej Izabeli z Czartoryskich Lubomirskiej (obecnie pałac Szustra w parku Morskie Oko). Nowa właścicielka nazwała swój zespół pałacowo-ogrodowy zgodnie z ówczesną modą, z francuska: Mon Coteau, co po polsku oznacza "moje wzgórze". Według jednej z legend nazwa "Mokotów" pochodzi właśnie od spolszczenia słów "Mon Coteau", jednak zdaniem etymologów, nazwa naszej dzielnicy wzięła się od pruskiego imienia Mokoto (lub Mokot), który to był pierwszym właścicielem tutejszych ziem. Wracając do genezy herbu, nad głównym wejściem do pałacu księżnej widniał niewielki tympanon. W centralnym jego punkcie umieszczono płaskorzeźbę w kształcie ozdobnej tarczy, na której wyryto inicjały marszałkowej "I.L.". Ponad tarczą widoczna była pięcioramienna korona z krzyżem.

Zgodnie z legendą, dzisiejszy herb Mokotowa prezentuje kontur tarczy - herbu dawnej posiadłości Mon Coteau. Pozostała również ozdobna korona, zwieńczona krzyżem. Jako symbol przynależności Mokotowa do Warszawy, do herbu dodano ukośną szarfę w żółto-czerwonych barwach stolicy.